东南大学技术转移中心是2009年我省首批建设的高校技术转移中心，同年获批国家技术转移示范机构。中心现有一支四十余人的专兼职人才队伍，在省内外建立技术转移分支机构30家。中心依托学校强大的工科学科优势，充分挖掘学校的人才、科技综合资源，服务江苏地方经济发展。学校作为技术依托单位共参与了150余项江苏省重大成果转化专项资金项目，涉及省资助经费超过15亿元。在历年江苏高校服务地方情况统计中，东南大学所有指标均位列第一。 

在长期工作实践中，探索出“校企联合研发中心”模式，实现了校企合作的“四大转变”：即由个人行为向学校的组织行为转变，由部分科技人员的合作向覆盖学校所有学科和职能的合作转变，由单纯的项目合作向平台建设、成果转化、人才交流等多方位服务转变，由短期的项目合作向建立稳定长效合作关系转变，并成为学校推进与企业长效合作的重要工作和抓手。 

加强制度设计。出台《东南大学校企产学研联合科研机构管理办法》，规范校企联合研发中心从成立、运行、考核、撤销的全过程管理。

强化经费保障。学校要求成立校企联合研发中心的企业在三年合作期内，保障投入到校科研经费不低于300万元。

实行校企共管。每个研发中心设立校企共同参与的管理委员会，实行管理委员会领导下的主任负责制，要求各中心在项目合作上做到学校多学科、多团队联动参与。

提升研发层次。除解决企业现实技术难题外，瞄准国家需求，重点关注产业核心技术和共性关键技术联合攻关，联合申报国家重大科研项目和平台建设。 

目前，已建有校企研发中心100余家，年均到校科研经费逾亿元，校企双方共同申报发明专利近600项，获得国家、省部级和市级科技奖项30余项；以联合研发中心为基础，学校还培育了12个国家级的科研平台，一批省市级工程中心及行业公共服务平台。

2010年9月学校与南京华脉成立“东大—华脉光集成技术联合工程研发中心”，瞄准国家三网融合发展需求，联合开展PLC型PIC芯片核心技术的研发，产品经成果转化，已累计完成销售额20076万元，实现新增利润7168万元，新增税收2917万元，该合作荣获2013年江苏省科技进步一等奖，入选中国高校产学研合作十大案例。